多囊卵巢综合征和卵巢囊肿的主要区别如下：

诊断依据：

多囊卵巢综合征：主要依据是卵巢上存在多个小泡，通常伴随有内分泌和代谢异常。

卵巢囊肿：通过B超发现卵巢上存在占位性病变，可能是液性、实性或混合性，属于卵巢上的异常物质生长。

性质分类：

多囊卵巢综合征：是一种内分泌和代谢异常的疾病，不属于卵巢肿瘤范畴。

卵巢囊肿：在超声影像学上被称为卵巢肿瘤，可能是良性或恶性，也可能是生理性或病理性，需要进一步诊断明确。

临床表现：

多囊卵巢综合征：患者常表现为月经失调、不孕、多毛、痤疮以及肥胖等症状，且卵巢通常呈增大状态。

卵巢囊肿：症状因囊肿的性质、大小和位置而异，可能表现为腹部不适、月经异常、腹部包块等，卵巢同样可能增大。

治疗原则：

多囊卵巢综合征：治疗原则主要包括调整生活方式、药物治疗以及手术治疗，旨在改善内分泌和代谢状态，促进生育。

卵巢囊肿：治疗原则取决于囊肿的性质，对于生理性囊肿可观察随访，对于病理性囊肿则可能需要手术治疗，并根据病理结果决定后续治疗方案。

综上所述，多囊卵巢综合征和卵巢囊肿在诊断依据、性质分类、临床表现以及治疗原则上均存在显著差异。