宅基地合作建房协议的效力司法裁判的依据为《广东省高级人民法院关于审理农村集体土地出让、 *** 、出租用于非农业建设纠纷案件若干问题的指导意见》(粤高法发[2001]42号)第12条的规定：12.当事人将农村村民住宅建设用地 *** 、出租或以合建形式变相 *** 农村村民住宅建设用地而签订的合同，一般应认定无效。但1999年1月1日《土地管理法》修订以前，农村村民将经依法取得的宅基地使用权连同房屋 *** 给本村村民、回乡落户的干部、职工、退伍军人以及华侨、港澳台同胞的，以及1999年1月1日《土地管理法》修订以后，农村村民将经依法取得的宅基地使用权连同房屋 *** 给本村村民的，可认定 *** 合同有效。
在宅基地合作建房纠纷的裁判处理中，一般认定为合作建房合同无效，并且对违约金、定金、资金占用费的约定不予支持，仅仅是返还建房款。但是如果宅基地权属人自愿履行补偿的，可以支持；或者投资人和宅基地权属人另行约定征收拆迁利益的宅基地建房合作协议，可以支持。具体案例参考如下：
一、宅基地合作建房合同认定为无效后，违约金不予支持
广州市白云区人民法院（2018）粤0111民初14439号
本院认为，根据《中华人民共和国土地管理法》第六十三条的规定，农民集体所有的土地的使用权不得出让、 *** 或者出租用于非农业建设，本案中原、被告双方签订的合同名为农村宅基地合作建房合同，但实际上合同内容明确约定被告向原告 *** 宅基地的使用权及地上房屋所有权，违反了法律的强制性规定，应认定为无效合同。因无效合同取得的财产应当返还，现原告要求被告返还收取的合作建房首期费用300000元合理合法，本院予以支持，但原告依据合同要求被告支付违约金的诉请于法无据，本院不予支持。另对于原告提出的要求被告支付合作建房首期费用的利息的诉请，经审查，双方在合作建房合同中明确约定是在农村宅基地上建房并 *** 房屋的产权和权益，双方对于涉案土地的性质及会导致合同无效的事实均是明知的，双方对合同的无效均有过错，故对于原告提起的利息损失的诉请，本院不予支持。
二、宅基地合作建房合同认定为无效后，资金占用利息不予支持
广州市白云区人民法院（2019）粤0111民初28482号
本院认为，根据《中华人民共和国物权法》及《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地使用权属于特殊的用益物权，其所有权为农村经济组织所有，三原告与周XX签订合作建房协议及补充协议，利用宅基地建房用于 *** 出卖，有违《中华人民共和国物权法》及《中华人民共和国土地管理法》的限制性规定，三原告是湖南省居民，并非宅基地所在地的集体经济组织成员，本身不具备利用涉案宅基地兴建房屋的条件，因此三原告与周XX签订的合作建房协议及补充协议违反法律、行政法规的强制性规定，应属无效。双方根据无效合同占有的对方财产应当予以返还宅基地建房合作协议，周XX收取阳XX交付的300000元应当予以返还。如上所述，三原告明知涉案土地为宅基地，且本身不具备利用宅基地兴建房屋的条件，仍与周XX签订涉案的合作建房协议及补充协议，本身对于合同无效存在过错，三原告要求周XX赔偿占用资金期间的损失27000元没有事实和法律依据，本院不予支持。本案收取阳XX300000元资金的是周XX，原告要求XX物业承担连带责任也没有法律依据，本院也不予支持。
三、宅基地合作建房合同认定为无效后，宅基地权属人自愿补偿的，予以支持
广州市海珠区人民法院（2013）穗海法民三初字第2690号
本院认为，涉案广州市海珠区XX村XX大街四巷3号房屋是在集体所有的土地上建造的。原告与邵XX签订的《协议书》实质是宅基地合作建房协议，对农村集体所有的土地，个人无权处分，因该协议违反法律禁止性规定，属无效协议。原告要求依法确认其与邵XX签订的《协议书》无效，对无效行为各自向对方返还利益，并无不当，本院予以支持。现原、被告一致同意由原告对邵XX出资建造广州市海珠区XX村XX大街四巷3号第二层房屋进行补偿，补偿价款为21万元，经审查并无不当。此外原告要求收回该屋自用问题，因涉及到实际居住人的利益，且又属另一法律关系，原告表示另行处理，故本案不宜一并作出处理。