秦始皇晚年，信奉长生不老之术。为追求长生不老，秦始皇派徐福等人出海寻找仙药。
数年之后，徐福归来，因无仙药，怕秦始皇责罚。便谎称已到达仙山附近，只因大鱼挡路无法成行。秦始皇对徐福将信将疑，决定亲自前往蓬莱一探究竟。秦始皇此次前住蓬莱，一方面是巡视天下，一方面是去寻找长生不老药。蓬莱是山东附近一个小小的海岛，因多次出现海市蜃楼的奇景而闻名。
古代科技不发达，无法对这种现象进行解释。因而误认为蓬莱岛上住着神仙。秦始皇此次前往蓬莱，也有求见神仙，求取仙药之意。当行至山东半岛之时，突遇大鱼挡路，秦始皇亲手将大鱼杀死，大鱼已死，预示着前往仙山的障碍已除。秦始皇于是命徐福再次出海寻找仙药。
徐福明白，此次出海，若再找不到仙药，恐人头落地。为求自保，徐福以孝敬神仙为名，向秦始皇讨要童男童女三千，金钱财宝若干，以及大船数艘。对于这些要求，秦始皇都一一满足。只是徐福出海之后，便消失在历史的长河之中。
对于徐福的去向，史学界有各种看法，一些学者更倾向于徐福东渡日本的看法。这些学者之所以倾向于徐福东渡日本，主要是源于日本本土对徐福的崇拜。在日本本土，已知的徐福庙有六十多座，一些日本人甚至自称为徐福的后代。直到今天，一些日本人依然把徐福称为农神。一些学者由此推断，徐福最终的归宿是日本。
事实上，从日本人对徐福的崇拜，来证明徐福东渡日本是站不住脚的。与其说日本人崇拜徐福，倒不如说日本人是崇拜中华文化。在历史上，日本深受中华文化的影响，一度称自己为"小中华″。
南宋灭亡后，日本对蒙古在中国的统治不屑一顾，认为其不能代表中国，自己才是中华文明的正宗。为了找到自己代表中华文明的证据，便拿徐福做起了文章。近代以后，日本出于某种政治目的的需要，开始打起了徐福牌，徐福东渡日本等论调便喧嚣直上。
其实，徐福根本就不可能东渡日本。不可能东渡日本的原因在于当时的航海实力。秦朝是中国第一个大一统的封建王朝，也是中国封建社会的起点。其航海实力远远没有达到航行到日本的能力。唐时鉴真东渡日本，先后进行了六次航行，方才达到日本。
日本学者阿倍僧麻侣，经历了十三次航行才抵达大唐，其间经历了大风大浪，九死一生。几百年之后的大唐，尚不完全具备航行到日本的条件，何况秦朝！关于徐福的最终归宿，最有可能的解释是，徐福在前往日本途中，遇大风而沉没，最终葬身海底！